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UB和IRBio专家对来自加那利群岛的地方性蜘蛛的基因组进行测序

巴塞罗那大学生物学和生物多样性研究所(IRBio)的一个研究小组对蜘蛛Dysdera silvaticaSchmidt 1981的基因组进行了测序,这是一种生活在La Gomera,La Palma岛屿的月桂树林中的特有物种。和加里群岛(西班牙)的El Hierro。

这项新研究揭示了加那利群岛节肢动物的第一次基因组测序,这是一个群岛,具有丰富的生物多样性,分布在岛屿周围。

Dysdera sylvatica:金丝雀月桂树林中的掠食者的Dysdera属,属于物种Dysdera silvatica,包括超过250种蜘蛛主要分布在地中海区域。马卡罗尼西亚群岛代表了该分类群的分布的西部界限,在加那利群岛达到了显着的多样化,目前大约有50种特有物种。

“这些物种中的一个是Dysdera silvatica,整合在一个进化谱系中,成为岛屿陆地无脊椎动物营养网络中丰富和多样性的主要捕食者之一”,来自生态进化生物学系的Miquel Arnedo教授指出。和UB的生物学和生物多样性研究所(IRBio)的环境科学。

“物种D. silvatica是一种多面手捕食者。与其他蜘蛛群体不同,Dysdera包括狩猎和消耗陆地等足类动物的专家。所有这些物种都生活在加那利群岛,甲壳类营养专业似乎已经独立进化了几次”研究小组负责研究人员,UB的节肢动物系统学和动物进化研究小组补充道。

Dysderoidea超家族的第一个基因组测序

这是Dysderoidea超家族物种的核和线粒体基因组的第一个测序,以及Synspermiata组中已知的第二个测序,其中一个主要的蜘蛛谱系。关于这一组,具有可用基因组数据的第一个物种是棕色隐士蜘蛛(Loxoceles reclusa Gertsch&Mulaik,1940),一种分布在美洲大陆并以其坏死毒液而闻名的物种。

根据结论,D。silvatica物种的基因组很大(1.7 Gb)并且显示出高复杂性,具有高比例的重复元素。根据与AlejandroSánchez-Garcia共同领导该研究的Julio Rozas教授(UB-IRBio)表示,“在这项研究中,我们创建了一个1.4 Gb的基因组测序装配,其中54%是由重复元素构建的”

“我们鉴定并鉴定了总共36,000个蛋白质编码基因”,UB-IRBio教授,UB进化基因组学和生物信息学研究组负责人,该组织是巴塞罗那生物信息学平台(BIB)的一部分。

D。 silvatica物种具有六对常染色体的二倍体染色体组,两个(雌性是XX)或一个(雄性是X0)性染色体(XX-X0),雌性有六个非性染色体对(常染色体)和XX性配对染色体。男性有六对常染色体,只有一对X性染色体。

用于治疗复杂基因组的第三代测序技术

大约五年前开始对Dysdera silvatica基因组进行测序的研究开始应用下一代大规模测序(NGS),如Illumina。通过该协议,他们创建了10亿个短序列(100个配对碱基),这些序列不足以获得该物种复杂基因组的质量装配。

因此,研究小组用PacBio和Nanopore单分子测序(SMS)技术完成了这些数据,“更昂贵但更有效的方法获得更大的基因组测序,并使用混合装配策略提供高质量的基因组装配,结合获得的数据通过不同技术进行测序“,JoséFranciscoSánchez-Herrero,IRBio遗传学,微生物学和统计学系成员以及该文章的第一作者。

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